令和3年1月以降＜法定調書の電子申告義務化＞基準引き下げへ！いま企業が準備すべきこととは

更新日：2024年07月04日

令和3年提出分から、電子申告義務化対象となる法定調書の基準が引き下げられます。「法定調書」と聞いてすぐに思い浮かぶのは支払調書ですが、給与所得や退職所得の源泉徴収票といったものも含まれます。そのため、この引き下げにより電子申告義務化対象となる企業数はかなり増加することが予想されています。
担当者としては、「自社が義務化対象になるのか」「対象であればどういう対応をするべきか」を把握し、しっかり準備をしておきたいところでしょう。
今回のコラムでは、法改正の内容を改めて整理し、「法定調書の電子申告」に必要な準備について解説します。

電子申告義務化基準の引き下げ要件

税務手続きの電子化は、大法人の法人税電子申告に始まり、法人税にかかる申告データを円滑に提出させる環境整備を目的として推進されています。
これまで電子申告の要件は、前々年に発行した法定調書が「法定調書ごとに1,000枚以上ある場合に電子申告をしなければならない」というものでした。しかし、平成30年度の税制改正により、税務手続きでの利便性の高い納税環境整備、社会全体のコスト削減と企業の生産性向上を図るため、令和3年分の申告から「法定調書ごとに100枚以上ある場合」に引き下げられることになったのです。
一般的な企業では、「給与所得の源泉徴収票」「退職所得の源泉徴収票」「報酬、料金、契約金及び賞金の支払調書」「不動産の使用料等の支払調書」などを毎年発行していることでしょう。つまり、これらの種類ごとに、2年前に発行した法定調書が100枚以上ある場合、当年の申告の際には電子申告が義務づけられることになります。
例えば、令和3年分の電子申告は、前々年である令和元年の法定調書の枚数が基準になります。令和元年に100枚以上発行した「給与所得の源泉徴収票」あるいは「報酬、料金、契約金及び賞金の支払調書」などがあるかどうかを調べ、自社が電子申告の義務化対象になっているか早めに確認しておきましょう。

出典：国税庁PDFパンフレット「e-Tax又は光ディスク等による提出義務基準の引き下げについて」

もし、期限までに電子申告でなく書面で提出した場合、申告書は無効扱いとされ、原則として無申告加算税の対象となります。また、2期連続で法定調書申告期限内に申告がない場合には、青色申告の承認を取り消される可能性もあります。ただし、災害等の影響でインターネット回線が機能せず、期限までに電子申告ができないなど有事が理由の場合は、税務署長から一定の承認を得ることを条件に書面での提出が認められています。

なお、「給与所得（及び公的年金等）の源泉徴収票」の電子申告が義務付けられた年分については、市区町村へ提出する給与支払報告書（及び公的年金等支払報告書）も電子申告が義務づけられているので注意しましょう。

法定調書の電子申告方法

電子申告の方法には、e-Taxを利用する方法と、光ディスク等に記録する方法とがあります。
ここでは、それぞれの申告方法と必要な準備についてご紹介しましょう。

＜e-Taxでの申告＞

e-Taxは国税の電子申告・納税システムです。休祝日と12月29日～1月3日を除く月〜金曜、24時間手続きをすることができます。
e-Taxを利用するには、以下の3つの準備が必要になります。

①利用者識別番号を取得する

e-Taxの利用には、半角16桁の番号からなる利用者識別番号が必須です。利用者識別番号は、e-Taxホームページ「e-Taxの開始（変更等）届出書作成・提出コーナー」で電子申告開始届出書を作成・送信すると簡単に取得できます。
その他の取得方法には、国税庁ホームページ「［手続名］電子申告・納税等開始（変更等）の届出」から用紙をダウンロードして提出先の税務署へ送るか持参する方法や、「法人設立ワンストップサービス」を使って法人代表のマイナンバーカードを使い、届出書を作成・送信して取得する方法があります。

②電子証明書を取得する

税務に関わるデータを送信する際には、本人が作成し、改ざんされていないことの証明が必要です。その証として、電子証明書に裏付けられた電子署名を入れる必要があります。
電子証明書の取得方法については、e-Taxホームページを参照してください。

③対応ソフトを用意する

e-Taxを利用するには、e-Taxソフトが必要になります。e-Taxソフトでは、以下の法定調書（及び同合計表）を作成することができます。

＜e-Taxソフトで作成できる書類＞

給与所得の源泉徴収票
退職所得の源泉徴収票・特別徴収票
報酬、料金、契約金及び賞金の支払調書
報酬、料金、契約金及び賞金の支払調書（社会保険診療報酬基金用）
不動産の使用料等の支払調書
不動産等の譲受けの対価の支払調書
不動産等の売買又は貸付けのあっせん手数料の支払調書
給与所得の源泉徴収票等の法定調書合計表
支払調書等合計表付表（e-Tax提出分）

e-Taxホームページで案内されているe-Taxソフト（WEB版）を利用することも可能ですが、法定調書奉行クラウドのように、電子申告に対応したクラウドサービスを使うと、給与システムの情報がそのまま利用でき、ボタン1つで申請書類を作成することができるので便利です。
自社のパソコン環境等に合わせて、WEB版を使うのか、クラウドサービスなどの業務アプリケーションを使うのかを検討し、準備しておきましょう。

給与・公的年金等の支払報告書・源泉徴収票に関しては、支払報告書は従業員の住居がある各市町村に、源泉徴収票は企業所轄の税務署にそれぞれ提出する必要があります。電子申告にする場合、税務署に提出する源泉徴収票は、eLTAXで支払報告書とともに一括送信することができるようになっていますので、同時に手続きできるのも便利です。（ただし、給与等の源泉徴収票以外の法定調書の電子申告は、e-Taxが窓口となります）

＜光ディスク等での申告＞

光ディスク等を利用すれば、1枚につきファイル数の上限1,000枚など、大量の調書を一度に提出できます。また、支店や工場等の提出分も含め、本店等の所轄税務署長に一括提出できるなどのメリットもあります。
ただし、光ディスクとは、CDやDVD、FD、MOなどを指し、USBメモリーやSDカードは含まれていません。USBメモリーやSDカードを使っての提出はできませんので注意しましょう。
光ディスク等で申告をする際は、「支払調書等の光ディスク等による提出承認申請書（兼）支払調書等の本店等一括提出に係る承認申請書」を、あらかじめ所轄の税務署に提出し、税務署長の承認を受けておかなければなりません。なお、光ディスクで申告できる書類とデータ形式は以下のようになります。

■　CSV形式での提出が認められているもの

法人税申告書別表等（明細記載を要する部分）・勘定科目内訳明細
財務諸表

■　イメージデータ（PDF形式）が認められているもの

第三者作成書類等
法人税等の申告書別表のうち、e-Taxによる提出ができないもの（リリース前別表）

CSV形式で作成する場合、文字数や項目によって半角・全角での入力が指定されていたり、1つの行が調書1枚分のデータを表すように入力するなど指示されていたりしますので、国税庁ホームページを参考に、指示を見落とすことなく作成しましょう。

e-Taxを利用するか、光ディスク等を利用するか、どちらを選択するかは企業の判断に委ねられていますが、一般的にはe-Taxを利用するほうが効率的です。
ただ、いずれの方法でも、電子申告を行うには税務署へ電子申告を行う旨を事前に申請し、承認を取らなければなりません。この申請は、義務化の対象企業であっても必要な手続きですので、電子申告を行う前に早めに申請をしておきましょう。

※法定調書作成に関する実務、例えば提出期限や法定調書合計表の書き方については、コラム「法定調書合計表の書き方と提出期限・提出先」も参照してください。

電子申告に対応したクラウドサービスで、業務をスムーズに進めよう！

年末調整から法定調書発行までの一連の業務は、企業の労務担当にとって年間の最大行事と言っても過言ではありません。
年末調整の手続きについては、毎年のように法改正の影響を受けて申告書の書き方も煩雑化しており、これまでも担当者の負担が大きいと問題になっていました。政府はこの問題も解決すべく、年末調整手続きも電子化を推奨しています。

※年末調整手続きの電子化については、コラム「2020年スタート！年末調整手続きの電子化に向けて今から準備すべきこととは」を参照ください。

法定調書の電子申告要件を引き下げた理由についても、年末調整業務と同様、業務負担の軽減という大目的があることは間違いありません。
こうした流れの中、今では法定調書作成や申告業務の負荷を軽減できるクラウドサービスも豊富に提供されています。
例えば、法定調書奉行クラウドでは、年間の支払金額を入力するだけで支払調書の提出有無を自動判定し、提出が必要と判定された場合に自動で支払調書が作成されます。源泉徴収票データ、退職所得の源泉徴収票データ、各種支払調書データも自動合算され、合計表が自動作成されます。e-TaxやeLTaxにも対応しており、電子申告の対象を自動判定して社内にいながらクラウド上で申告手続きを完結できます。給与奉行クラウドや奉行Edge年末調整申告書クラウドとも自動連携し、従業員の源泉徴収票や支払報告書の自動作成から電子申告まで一括して対応できます。
税務署へ提出する支払調書や源泉徴収票に必要となるマイナンバーについても、奉行Edgeマイナンバークラウドを一緒に利用することで、パソコンを介して手間やコストをかけずに情報を収集することができます。収集した情報は、自動保存・暗号化・分割管理が標準化されているので、高いセキュリティレベルのもと業務を進められます。
「専門家ライセンス」を1ライセンス無償提供しているので、顧問税理士・社労士といった専門家との連携もスムーズになりさらに業務を進めやすくなっています。

このような電子申告対応のクラウドサービスを利用すれば、e-Taxソフトをインストールすることなく、業務プロセスの流れの中で操作することができるので、申請のために環境整備をする必要がありません。またクラウドサービスなら、インターネット環境さえあれば自宅やサテライトオフィスなどでも業務を遂行することができるので、デジタル化が加速する時世にも適した最適な仕組みと言えるでしょう。

おわりに

電子申告に際しては、事前申告など準備が面倒と感じるかもしれませんが、それさえ済めば手順に従うだけで全てweb上で完結できるため、担当者の負荷は圧倒的に少なくなります。各提出先に足を運ばずに済むので待ち時間からも解放され、担当者の負荷を軽くすることができます。こうした時間コストはもちろん、申告書などの印刷代や郵送代といった物理的コストも削減できるため、多くのメリットを生み出す申告方法だと言えます。
また、法定調書の電子申告に対応するシステムであれば、次年度以降も過去データを参照しながら手順に沿ってデータを作成できるので、より効率的に作業を進めることが可能です。
電子申告義務化の対象でなくても、ぜひこの機会に検討してみてはいかがでしょうか。