システム管理基準追補版 追加付録.7の「財務会計パッケージソフトウェアの機能等一覧表」は、データ入力から繰越など、業務処理統制とIT全般統制の両サイドから会計パッケージを評価する項目が用意されています。
経済産業省が作成している一覧表であるため、各システムメーカーから対応表を入手できる可能性があります。まずはこちらをご参考にされることをお勧めします。

ISO15408とは、IT製品及びシステムに対して、セキュリティに関する機能が適切に設計され、かつ確立された手段によって設計が正しく実装されていることを評価するための国際標準規格です。
経済産業省は「システム管理基準追補版 追加付録」で財務会計が備えるべきセキュリティ機能を例示したプロテクション・プロファイルを公開し、ISO15408認証の取得を支援しています。
つまり、ISO15408認証を取得している製品は安心・安全を外部の機関から証明されていると言えます。

奉行シリーズが貢献するIT統制（冊子）

自社で開発したオリジナルの基幹業務システムを利用されている場合やパッケージシステムをご利用でもカスタマイズをされている場合などは、IT全般統制対応でチェックすべき項目として、「情報システムの開発・調達」「情報システムの運用・管理」「安全性の確保」などが求められます。
しかし、パッケージシステムをご利用いただいていると、パッケージメーカーが機能について保証しており、ある程度のチェック項目を省くことが可能です。また、不正・改ざんが起こりにくい環境であると監査法人に認識いただけることもケースがあり監査工数を削減できる可能性があります。