変形労働時間制とは、定められた法定労働時間内であれば、月、年などの単位で柔軟に労働時間を調整できる制度のことを言います。
労働時間は、労働基準法によって原則として1日8時間・週40時間と定められています。しかし、職種や月ごとに業務の繁閑差が激しい場合など、この原則に当てはまらないケースも少なくありません。そこで、週平均40時間以内の範囲で、36協定によらず、また割引賃金を支払うことなく法定労働時間の原則を超えて労働できるようにしたのが「変形労働時間制」です。
変形労働時間制には主に2つの種類があります。
① 1ヶ月単位の変形労働時間制
月末や月初など、特定の期間に業務が集中する場合、1ヶ月の中で繁閑にあわせて労働時間を調整できます。1週間当たりの平均が40時間を超えなければ、40時間を超える週もしくは1日8時間を超える日があっても時間外労働とはなりません。
導入するには、過半数の組合等との労使協定または就業規則などそれに準ずるものを定め、それを労働基準監督署へ届け出る必要があります。（労働基準法第32条の2）
② 1年単位の変形労働時間制
1ヶ月以上1年以内で、1週間の労働時間が平均40時間を超えない範囲内で調整することができます。シーズン単位で繁忙期、閑散期がはっきりしている業務に適しています。
長期に渡る制度であるため、労働時間は1日あたり10時間まで、1週間当たり52時間まで、さらに連続勤務は6日まで（1週間に1日の休日をとる）という上限が設定されています。また、1年を通して労働日は280日（年間休日85日）と決まっています。
導入には「対象者」「対象期間及び起算日」「特定期間」「労働日及び労働時間」「有効期間」を具体化した労使協定を締結し、労働基準監督署に協定内容を届け出る必要があります。
この他、あまり一般的ではありませんが、「1週間単位の非定型的変形労働時間制」もあります。これは、1週間の労働時間が40時間内であれば、1日の労働時間を10時間まで認める制度となります。ただし、「従業員が30人未満の小売業、旅館、料理店、飲食店など小規模事業者に限る」と規模業種によって制限が設けられています。
また、始業・終業時刻を自分で決めて労働することができる「フレックスタイム制」も、変形労働時間制の一種となります。